В Машинобудівному інституті довгий час плідно працювала аспірантура для спеціальностей: 05.05.03 "Двигуни та енергетичні установки"; 05.02.08 "Технологія машинобудування"; 01.02.04 "Механіка деформованого твердого тіла".
В зв'язку зі змінами назв наукових спеціальностей в Україні в червні 2016 р. Машинобудівним навчально-науковим інститутом отримано ліцензії на підготовку в аспірантурі докторів філософії зі спеціальностей:● 142 "Енергомашинобудування";● 131 "Прикладна механіка";● 144 "Теплоенергетика" (спільно з факультетом морської інфраструктури).